- s -

• SelectSequence() : design
• SelectSequenceHeuristic() : design
• SetExtrinsic() : RNA
• SetForbidIntramolecular() : HybridRNA
• SetIndexSeq() : Multilign_object
• SetIterations() : Multilign_object
• SetMaxDsv() : Multilign_object
• SetMaxPairs() : Multilign_object
• SetNucType() : Multilign_object
• SetProgress() : Dynalign_object , HybridRNA , Multilign_object , RNA
• SetSHAPEIntercept() : Multilign_object
• SetSHAPESlope() : Multilign_object
• SetTemperature() : Multilign_object , Thermodynamics , TwoRNA
• SetupBimolecular() : HybridRNA
• single_z_predict() : Multifind_object
• SpecifyPair() : RNA
• SpecifyRedesignLimits() : design
• SpecifyWeightedDefect() : design
• Stochastic() : RNA
• StopProgress() : RNA , HybridRNA , Dynalign_object , Multilign_object
• StoreBestSequence() : design
• StoreMutation() : design
• storetemplatefilename() : Dynalign_object
• sum_multifind() : Multifind_object