- a -

• aliFiles : Multilign_object
• align : Dynalign_object
• array : Dynalign_object

- b -

• branches : mb

- c -

• compoundmessage : TwoRNA
• ct : RNA
• ct_files : Multilign_object
• ct_templated : Dynalign_object

- d -

• data : Dynalign_object , Thermodynamics
• defectweighted : design
• dGIndex : Multilign_object
• drawallocated : RNA
• dsv_templated : Dynalign_object
• dsvFiles : Multilign_object

- e -

• energies : Multilign_object
• energyallocated : RNA
• energyread : Thermodynamics
• enthalpy : Thermodynamics
• ErrorCode : Multilign_object , RNA
• ErrorCodeTwo : TwoRNA
• ev : RNA
• ew : RNA
• ew2 : RNA
• ew3 : RNA
• ew5 : RNA
• ewmb : RNA
• ewmb2 : RNA

- f -

• fce : RNA
• forbidunimolecular : HybridRNA
• forcealign : Dynalign_object

- g -

• gap : Dynalign_object

- h -

• highend : Dynalign_object

- i -

• i : hp , il , mb_element , bp
• input_alignment : Multilign_object
• input_sequences : Multilign_object
• inputList : Multilign_object
• instance : Multilign_object
• is_a_pair : mb_element
• isRNA : Multilign_object
• isrna : Thermodynamics
• iterations : Multilign_object

- j -

• j : hp , mb_element , bp , il

- k -

• k : il , bp

- l -

• l : il , bp
• length : Oligowalk_object
• lfce : RNA
• lowend : Dynalign_object
• lowest : Dynalign_object

- m -

• maxDsv : Multilign_object
• MAXDSV : Dynalign_object
• MaxLeafRedesign : design
• MaxMutate : design
• maxPairs : Multilign_object
• MaxRedesign : design
• Maxtrace : Dynalign_object
• mod : RNA
• modificationflag : Dynalign_object

- n -

• num_processors : Multifind_object
• numbering : design
• numofsubstructures : Oligowalk_object

- o -

• output_multifind : Multilign_object

- p -

• pair_alignments : Multilign_object
• partitionfunctionallocated : RNA
• pfdata : RNA
• prefilter : Oligowalk_object
• probability : bp , mb , hp , il
• progress : RNA , Multilign_object

- q -

• Q : RNA

- r -

• rna1 : TwoRNA
• rna2 : TwoRNA

- s -

• savefileread : Dynalign_object
• seqPair : Multilign_object
• sequences : HybridRNA
• SHAPEIntercept : Multilign_object
• SHAPESlope : Multilign_object
• structurecoordinates : RNA

- t -

• table : Oligowalk_object
• temp : Thermodynamics
• temperature : Multilign_object
• templatefilename : Dynalign_object

- v -

• v : Dynalign_object , RNA
• vmin : RNA
• vmod : Dynalign_object

- w -

• w : Dynalign_object , RNA
• w3 : RNA , Dynalign_object
• w5 : Dynalign_object , RNA
• wca : RNA
• wcoax : RNA
• wl : RNA
• wmb : RNA
• wmbl : RNA